Selkäliiton ylin päättävä elin on liiton kokous. Kokouksia on kaksi vuodessa. Syyskokouksessa valitaan hallitus, vahvistetaan toimintasuunnitelma ja talousarvio. Kevätkokouksessa hyväksytään toimintakertomus ja tilinpäätös. Lisäksi kokouksissa voidaan käsitellä yhdistysten kokouksille esittämiä asioita.

Liiton jäsenyhdistykset valitsevat kokouksiin edustajansa suhteessa jäsenmääriinsä.

Hallitus

Hallitus vastaa Selkäliiton toiminnasta ja sen tuloksellisuudesta sekä valmistelee liiton kevät- ja syyskokouksissa käsiteltävät asiat.

Selkäliiton hallituksen jäsenet vuonna 2022:
Marjo Rinne (puheenjohtaja), terveystieteiden tohtori, fysioterapeutti, erikoistutkija (eläkkeellä)
Arvo Autio, teknikko, työnjohtaja (eläkkeellä)
Sirpa Heikkinen, mielenterveyshoitaja, kriisityöntekijä, ryhmä- ja työnohjaaja
Pirjo Karlsson, järjestöaktiivi, tilitoimistoyrittäjä
Petri Kaunisto, fysioterapeutti
Olli Kyläkangas, järjestöaktiivi
Leena Kämppi, fysioterapeutti
Jan-Erik Nikkola, järjestöaktiivi
Kari Rantavalli, lehtori, DI
Marjatta Savolainen, järjestöaktiivi
Leila Tarna, järjestöaktiivi