Selkäliittoa johtaa ja toimeenpanovaltaa käyttää hallitus, johon kuuluu puheenjohtaja ja kymmenen jäsentä. Ylintä päätäntävaltaa liiton vuosikokouksissa, kevät- ja syyskokouksissa, käyttävät selkäyhdistykset. Liiton säännöt sekä lait ja muut viranomaissäädökset määrittävät puitteet toiminnalle. 

Liiton selkäneuvonnan kehittämisen tukena toimii asiantuntijaryhmä, joka koostuu liiton puheenjohtajasta, hallituksen jäsenistä, liiton toimihenkilöistä sekä ulkopuolisista asiantuntijoista.

Liiton toimistossa Helsingissä työskentelee viisi vakituista henkilöä ja yksi hanketyöntekijä (2019–2021).